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龙图腾网获悉上海上药信谊药厂有限公司申请的专利一种基于宏基因组测序数据的菌株检测方法及相关装置获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN121260238B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-20发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202511802448.X，技术领域涉及：G16B20/30；该发明授权一种基于宏基因组测序数据的菌株检测方法及相关装置是由牛云辉;李莎莎;徐晓芬;于鸿晶;毛毅斌设计研发完成，并于2025-12-03向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种基于宏基因组测序数据的菌株检测方法及相关装置在说明书摘要公布了：本发明涉及微生物的检测和生物信息分析领域，具体地，涉及一种基于宏基因组测序数据的菌株检测方法及相关装置。所述菌株检测方法包括：获取待测样本中核酸的宏基因组测序数据；利用目标菌株的基因组与公开数据库中同种菌株的基因组构建第一数据库；将所述宏基因组测序数据与所述第一数据库进行比对分析，在存在匹配结果时，确定待测样本中含有目标菌株。本发明的菌株检测方法能有效排除近缘微生物的干扰，从而提高菌株鉴定结果的可信度。与传统的基于binning分析进行菌株检测的方法相比较，本发明方法能够更好地检测出低丰度目标菌株，且在粪便等复杂样本的检测中仍然能实现较佳的检测效果。

本发明授权一种基于宏基因组测序数据的菌株检测方法及相关装置在权利要求书中公布了：1.一种菌株检测方法，其特征在于，其包括： 获取待测样本中核酸的宏基因组测序数据； 利用目标菌株的基因组与公开数据库中同种菌株的基因组构建第一数据库； 将所述宏基因组测序数据与所述第一数据库进行比对分析，在存在匹配结果时，确定待测样本中含有目标菌株； 其中，所述公开数据库选自NCBIrefseq数据库、EnsemblBacteria数据库、ChocoPhlAn数据库、GTDB数据库、ENAAssembly数据库、CNGBAssembly数据库中的至少一种； 所述利用目标菌株的基因组与公开数据库中同种菌株的基因组构建第一数据库，具体包括： 生成目标菌株与公开数据库中同种菌株的基因组k-mer矩阵，其中，k取值可为1-151区间的所有奇数； 对目标菌株与同种菌株的基因组进行层次聚类，将基因组分至不同的聚类簇，并形成层次化参考索引，提取层次聚类树节点对应的特征k-mer，用于确定基因组所在的聚类簇； 对同一聚类簇中菌株构建k-mer矩阵，并根据簇内k-mer的菌株共享情况进行标记，用于确定基因组对应的菌株； 将生成的基因组k-mer矩阵、层次聚类结果、提取的特征k-mer及簇内k-mer的菌株共享标记进行整合，形成第一数据库； 所述将所述宏基因组测序数据与所述第一数据库进行比对分析，在存在匹配结果时，确定待测样本中含有目标菌株，具体包括： 将所述宏基因组测序数据与所述层次化参考索引所对应的特征k-mer进行比对，以筛选候选菌株簇； 在所述候选菌株簇内基于所述簇内k-mer的菌株共享标记进行菌株水平鉴定，并计算目标菌株的测序深度、菌株覆盖度及簇内菌株占比；当结果对应于目标菌株时，确定待测样本中含有目标菌株。

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