烟台大学权威获国家专利权
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龙图腾网获悉烟台大学申请的专利一种基于加权syncmer的泛基因组长读长比对方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN121528309B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-20发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202610055671.0,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权一种基于加权syncmer的泛基因组长读长比对方法是由权威;吕金硕;张善儒;刘壮;卢志婷;庄名轩;朱晓;刘雯设计研发完成,并于2026-01-16向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于加权syncmer的泛基因组长读长比对方法在说明书摘要公布了:本发明涉及基因序列比对技术领域,具体为一种基于加权syncmer的泛基因组长读长比对方法;本发明方法首先基于分频降权的加权syncmer采样对参考泛基因组图的segment进行处理,过滤高频冗余k‑mer、保留高特异性k‑mer,再构建哈希索引实现查询序列k‑mer的快速匹配,并生成候选锚点数组,大幅减少错误匹配、提升比对效率;然后,基于泛基因组图的拓扑信息,通过回溯计算筛选最佳线性链并进一步扩展为最佳图链,分层筛选策略降低了复杂图结构的搜索复杂度;最后,整合候选泛基因组图链集合输出比对结果,保障了结果的高精度与完整性,能够实现了对复杂拓扑结构泛基因组图的高效准确比对。
本发明授权一种基于加权syncmer的泛基因组长读长比对方法在权利要求书中公布了:1.一种基于加权syncmer的泛基因组长读长比对方法,其特征在于,包括如下操作: S1、将参考泛基因组图中的所有segment,进行基于分频降权的加权syncmer采样处理,得到参考加权syncmer组,构建哈希索引,得到参考泛基因组索引; 基于分频降权的加权syncmer采样处理的操作为:在每个segment内部按照每个位置选取k-mer,对k-mer中每个位置选取s-mer,并使用xxHash3哈希函数将s-mer转换为小于1的正数,再根据s-mer所在重复频次区间,对不同重复频次的s-mer进行分频降权处理,赋予不同的权重;在当前k-mer中,如果权值最小的s-mer出现在预先设定的位置,则认为当前k-mer是一个加权syncmer;统计所有加权syncmer,得到参考加权syncmer组;在分频降权的操作中,s-mer所在重复频次区间的重复频次越大,对应降权程度越大; 获取查询序列的查询加权syncmer组,将每个k-mer作为key值,在参考泛基因组索引中进行匹配,获取能够成功匹配的每个k-mer,在参考泛基因组图中相应segment的结束位置、在查询序列上的结束位置和序列长度,分别构成了每个k-mer对应的锚点三元组,按照在相应segment的结束位置升序排序,形成候选锚点数组; S2、对候选锚点数组中的每个锚点进行遍历,基于参考泛基因组图中的拓扑信息,回溯计算获取以每个锚点为结尾的最大得分对应的线性链,作为相应的最佳线性链,形成了候选线性链数组; 对候选线性链数组中的每条最佳线性链进行遍历,获取以每个最佳线性链为结尾的最佳图链,形成了候选泛基因组图链集合; S3、基于候选泛基因组图链集合,得到长读长序列比对结果。
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