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北京科技大学;北京科技大学顺德创新学院张晓彤获国家专利权

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龙图腾网获悉北京科技大学;北京科技大学顺德创新学院申请的专利一种基于超图的染色质域识别方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116052764B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-24发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211633867.1,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权一种基于超图的染色质域识别方法及系统是由张晓彤;张司臣;龚海燕;李铭鸿;杨伊设计研发完成,并于2022-12-19向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于超图的染色质域识别方法及系统在说明书摘要公布了:本发明提供了一种基于超图的染色质域识别方法及系统,该方法包括:获取表观基因组数据;并对数据进行预处理,按照一定碱基对数量对染色质进行片段切割,将每个片段看作基因组一个节点,获取Hi‑C交互作用矩阵;计算各基因组节点由空间交互作用数据和表观基因组数据共同表示的特征向量;对Hi‑C数据矩阵生成初始TADs划分,使用聚类算法根据节点特征对节点进行聚类,调整簇内节点,得到优化后的TADs结构划分。将优化后的TADs划分表示为超图,TADs节点集合作为超边,通过对超图划分识别。将划分后的染色质区域映射到细胞核中探索其生物学意义。本发明适用于生物信息计算领域中染色质域的识别与功能相关研究。

本发明授权一种基于超图的染色质域识别方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基于超图的染色质域识别方法,其特征在于,该识别方法具体包括以下步骤: S1获取原始Hi-C数据以及与Hi-C数据所在细胞系对应的表观遗传学数据; S2按照一定碱基对数量对染色质进行片段切割,将每个片段bin看作基因组一个节点,以节点碱基对数量作为分辨率,获取所述分辨率作为Hi-C交互作用矩阵; 具体步骤为:在分辨率下,将基因组划分为n个节点后,为每一个节点提取6种表观基因组数据,同时加上每个系节点的空间交互作用特征,节点与左右1Mb范围内的基因组的空间交互作用,即为Hi-C交互作用矩阵; S3计算各基因组节点由空间交互作用数据和表观基因组数据表示的特征向量; S4使用S2得到的Hi-C交互作用矩阵生成初始的TADs划分方式进行划分,使用K-均值聚类算法优化划分结果,获取优化后的TADs划分; 使用预先调研的算法对Hi-C交互作用矩阵进行初始TADs的划分,生成层次嵌套TADs,并根据TADs划分结果将节点表示为成三个簇,分别表示TADs域内节点、域间节点和域边界节点的集合;再对初始划分后的节点簇进行聚类,根据节点的特征向量,使用K-均值聚类算法调整节点位置,生成优化后的TADs划分方式; S5将优化后的TADs划分表示为超图,将每个TADS节点集合作为超边,通过对超图划分识别。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人北京科技大学;北京科技大学顺德创新学院,其通讯地址为:100083 北京市海淀区学院路30号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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