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龙图腾网获悉昆明医科大学申请的专利一种基于scATAC-seq数据的ecDNA识别方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120290730B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-24发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510712909.8，技术领域涉及：C12Q1/6886；该发明授权一种基于scATAC-seq数据的ecDNA识别方法是由陈策实;李杰设计研发完成，并于2025-05-30向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种基于scATAC-seq数据的ecDNA识别方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种基于scATAC‑seq数据的ecDNA识别方法。本发明提供的ecDNA识别方法可在整体细胞水平上准确检测拷贝数扩增、断点数量及ecDNA特征数量。本发明提供的方法能够识别肿瘤中特定携带的环状致癌基因，分析其在基因组中的分布特征，并揭示单个细胞内所有环状DNA的整体构成及单个环状DNA的具体组成。此外，该方法还可通过染色实验对环状DNA的存在性进行验证，确保检测结果的可靠性。

本发明授权一种基于scATAC-seq数据的ecDNA识别方法在权利要求书中公布了：1.一种非疾病诊断目的的基于scATAC-seq数据的ecDNA识别方法，其特征在于，所述方法操作如下： 步骤1在对单细胞染色质可及性测序scATAC-seq数据进行预处理之后，通过计算基因body和启动子区域中染色质开放的DNA片段的数量来量化基因活性，进而通过肿瘤微环境中各种细胞类型的典型基因的表达情况进行细胞类型注释； 步骤2识别单细胞测序数据中扩增的fragments，具体操作如下：去除包含在hg38参考基因组黑名单区域的数据；基于多个识别条件进行单细胞数据过滤；识别reads数大于2的fragments；使用AMULET识别每个fragments中CNV大于2的区间； 所使用的AMULET是一个基于单核ATAC-seq数据来检测扩增基因片段的python工具包； 所述多个识别条件为：映射质量分数大于5，片段长度小于等于300MB，reads是配对的，reads能够完全对应到hg38参考基因组上以及reads不是PCR重复序列； 步骤3识别单细胞测序数据中具有断点的fragments，具体操作如下：对单细胞测序得到数据进行质量控制；基于三条准则进行断点识别；所述三条准则为：认为长度大于500bp的reads包含断点，认为比对到不同染色体的reads包含断点以及认为比对方向相同的reads包含断点； 步骤4识别单细胞数据中的ecDNA； 步骤5可视化单细胞中ecDNA的结构； 步骤4识别单细胞数据中的ecDNA详细过程如下： 对所述扩增的fragments上下游各延伸2000bp； 找到扩增后的fragments区域与包含断点的reads的交集； 根据细胞barcode将包含断点的细胞与单细胞数据对应； 对ecDNA片段中包含的基因进行注释； 找到ecDNA特征基因。

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