大连工业大学杜明获国家专利权
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龙图腾网获悉大连工业大学申请的专利一种基于XGBoost的降血压二肽活性预测方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115938489B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-14发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211622388.X,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种基于XGBoost的降血压二肽活性预测方法是由杜明;谢蓄芬;赵思宇;程述震设计研发完成,并于2022-12-16向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于XGBoost的降血压二肽活性预测方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于XGBoost的降血压二肽活性预测方法,属于食品科学领域及生物学技术领域。所述方法包括:首先收集公布的降血压二肽序列及其活性IC50值,构建数据集;其次引入肽段的序列、理化、氨基酸原子组成特征,对二肽序列进行特征表达;第三对肽段的特征进行主成分表达,并进行主成分选择;第四结合主成分和XGBoost回归模型构建预测模型并对模型进行精度评估;然后应用现有二肽数据集全部数据训练模型,实现模型构建;最后应用预测模型对未知的降血压二肽序列进行活性预测。本发明的预测方法可以降低肽活性预测的复杂度,同时有效提高了预测精度,降低了筛选成本,可广泛应用于二肽序列的降血压活性及其它活性预测。
本发明授权一种基于XGBoost的降血压二肽活性预测方法在权利要求书中公布了:1.一种降血压二肽活性预测方法,其特征在于,所述降血压二肽活性预测方法包括: 步骤一:基于二肽肽段的序列特征、物理化学特征和原子构成特征,提取输入特征; 步骤二:对所述输入特征进行主成分分析,得到主成分特征; 步骤三:通过训练N个所述主成分特征输入XGBoost回归模型,预测降血压活性表征IC50值; 所述步骤一提取得到51维输入特征,所述51维输入特征包括:2维氨基酸序列特征、1维肽段序列特征、20维氨基酸组合特征、12维物理化学特征和16维原子构成特征,特征提取过程包括: S11:对氨基酸编码为1-20,基于公式1将2肽序列转换为2维数字特征: 公式1 其中,为长度为肽链序列,代表氨基酸残基; S12:对肽段氨基酸序列进行21进制数字编码,肽段转化为一个1维数字特征; S13:对肽段氨基酸序列提取氨基酸组合特征,将蛋白质序列用一个20维度的向量表示,肽段转化为20维数字特征,如公式2所示: 公式2 其中,表示第个氨基酸在蛋白质序列中出现的概率,,T表示转置操作; S14:引入氨基酸基本物理化学属性对序列进行数字表征,包括亲水性、疏水性、分子量、PK1值、PK2值、PI值,将二肽肽段转化为12维数字特征,如公式3所示: 公式3 其中,代表疏水性,代表亲水性,代表侧链基团分子质量,代表羟基端氢离子的解离常数,代表氨基端氢离子的解离常数,代表等电点,代表N端的氨基酸残基,代表C端的氨基酸残基; S15:引入氨基酸的原子构成特征对序列进行数字表征,包括C、H、N、O、S原子的数量,键的数量,单键的数量,双键的数量,将二肽肽段转化为16维数字特征,如公式4所示: 公式4 式中,代表原子类型,分别代表键的数量、单键数量和双键数量; S16:合并S11、S12、S13、S14、S15,将二肽肽段转化为51维数字特征; 所述XGBoost回归模型的训练过程包括: S21:对于所述51维特征输入特征进行主成分分析,形成主成分表达矩阵; S22:基于所述主成分表达矩阵,计算主成分与XGBoost回归模型的拟合优度,得到优选主成分特征; S23:组合所述优选主成分特征和XGBoost回归模型,构建融入特征选择的XGBoost降血压二肽活性预测模型; S24:基于所述优选主成分特征和对应的IC50值构建数据集,应用500次留出法划分训练集和测试集,以训练集训练所述降血压二肽活性预测模型,以测试集评价模型精度; S25:存储精度最高的降血压二肽活性预测模型及模型参数。
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