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广州大学刘文斌获国家专利权

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龙图腾网获悉广州大学申请的专利一种基于表征学习的DNA测序读段聚类方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN121122431B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202511226646.6,技术领域涉及:G16B40/30;该发明授权一种基于表征学习的DNA测序读段聚类方法及系统是由刘文斌;姚翔宇;方刚;陈智华;石晓龙;许鹏设计研发完成,并于2025-08-29向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于表征学习的DNA测序读段聚类方法及系统在说明书摘要公布了:本发明属于DNA数字存储与生物信息学交叉领域,公开了一种基于表征学习的DNA测序读段聚类方法及系统,方法包括:对原始DNA测序读段进行预处理,得到测序读段本身以及对应的变体1、变体2集合;基于测序读段本身以及对应的变体1、变体2集合,通过深度学习模型对DNA测序读段进行表征学习;基于表征学习后的DNA测序读段,通过微调模型,实现DNA测序读段聚类。本发明解决DNA存储中因测序错误导致的聚类困难问题。

本发明授权一种基于表征学习的DNA测序读段聚类方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基于表征学习的DNA测序读段聚类方法,其特征在于,所述方法包括: 对原始DNA测序读段进行预处理,得到测序读段本身以及对应的变体1、变体2集合; 基于测序读段本身以及对应的变体1、变体2集合,通过深度学习模型对DNA测序读段进行表征学习; 基于表征学习后的DNA测序读段,通过微调模型,实现DNA测序读段聚类; 深度学习模型编码器采用6层Transformer模块,解码器为线性网络,线性网络的输出维度与测序读段矩阵的维度相同; 基于测序读段本身以及对应的变体1、变体2集合,通过深度学习模型对DNA测序读段进行表征学习的方法包括: 将集合x,x1和x2中的元素输入编码器,编码器中的transformer模块会为每一个输入元素自动学习一个32维的向量r,r就是编码器输入元素的低维表征; 将低维表征输入线性网络,线性网络输出DNA序列; 微调模型由编码器和softmax激活函数构成,首先将深度学习模型的线性网络去掉,保留其编码器,然后在编码器后面接入softmax激活函数,softmax激活函数的输出维度等于测序读段的类别数; 基于表征学习后的DNA测序读段,通过微调模型,实现DNA测序读段聚类的方法包括: 将集合x,x1和x2中的元素输入微调模型的编码器中,编码器学习到一个32维的向量r1,并将其输入到softmax函数中,设置函数的输出维度为n的向量,n是测序读段的类别数目; 对于输入编码器中属于集合x的元素,归类到softmax输出向量中最大值对应的类别,得到聚类1;属于集合x1的元素,首先把两端掩码字符N转换成原来的引物所对应的碱基,然后归类到softmax输出向量中最大值对应的类别,得到聚类2;属于集合x2的元素,首先把中间掩码字符N转换成原来数据部分所对应的碱基,并且归类到softmax输出向量中最大值对应的类别,得到聚类3; 对聚类1,聚类2,聚类3中每个簇分别进行簇内多数投票,每个簇通过多数投票得到一个聚类中心,聚类中心每个位置的碱基为该位置得票最高的碱基; 对原始DNA测序读段进行预处理,得到测序读段本身以及对应的变体1、变体2集合的方法包括: 对每条原始DNA测序读段进行两次掩码操作,使每条DNA测序读段有三个拷贝,测序读段本身,变体1以及变体2; 将测序读段本身、变体1以及变体2三条序列进行one-hot编码; One-hot编码之后,所有测序读段以及对应的变体1和变体2被转换成矩阵形式,将One-hot编码后的测序读段集合记作x,对应的变体1集合记作x1,变体2集合记作x2; 对每条原始DNA测序读段进行两次掩码操作的方法包括: 将DNA测序读段两端的引物所对应的碱基都转换成字符N,中间数据部分保持不变,每条测序读段产生变体1; 将DNA测序读段中间数据部分所对应的碱基都转换成字符N,两端引物保持不变,每条测序读段产生变体2。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人广州大学,其通讯地址为:510006 广东省广州市外环西路230号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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