上海唯可生物科技有限公司倪帅获国家专利权
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龙图腾网获悉上海唯可生物科技有限公司申请的专利基于外源遗传物质插入位点的整合热点快速检测方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116386721B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-21发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310444063.5,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权基于外源遗传物质插入位点的整合热点快速检测方法是由倪帅;侯宇宸;何峰;吴宁设计研发完成,并于2023-04-23向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于外源遗传物质插入位点的整合热点快速检测方法在说明书摘要公布了:本发明公开了基于外源遗传物质插入位点的整合热点快速检测方法,对所有IS的染色体‑位点信息进行唯一性编码,得到一个同时代表染色体和整合位置的数字Y;对所有IS所对应的Y进行排序;对于有插入位点数据集中的每个IS;首先记录该IS为一个CIS节点C;记录有插入位点数据集中的其他节点Vi;如果C与Vi的距离小于阈值TH,记录Vi添加到当前CIS,成为该CIS的一个节点;同时将C与Vi边缘连接;然后继续回到步骤2,继续下一个IS,依次类推得到CIS网络;基于所有IS‑IS间的连接形成CIS网络搜索符合条件的CIS;本发明对连接查找方式和CIS搜索范围进行了优化,在若干个整合位点的检测中,软件的平均分析时间从超大大降低,增加了CIS检测的该算法的临床实用性。
本发明授权基于外源遗传物质插入位点的整合热点快速检测方法在权利要求书中公布了:1.基于外源遗传物质插入位点的整合热点快速检测方法,其特征在于:包括以下步骤, 步骤1、对所有IS的染色体-位点信息进行唯一性编码,得到一个同时代表染色体和整合位置的数字Y; 步骤2、对所有IS所对应的Y进行排序; 步骤3、对于有插入位点数据集中的每个IS;首先记录该IS为一个CIS节点C;记录有插入位点数据集中的其他节点Vi;如果C与Vi的距离小于阈值TH,记录Vi添加到当前CIS,成为该CIS的一个节点;同时将C与Vi边缘连接;然后继续回到步骤2,继续下一个IS,依次类推得到CIS网络; 步骤4、基于所有IS-IS间的连接形成CIS网络搜索符合条件的CIS; 所述的对所有IS的染色体-位点信息进行唯一性编码的方法是,将24个染色体号码用一个长度为24的数字向量A代替,并且保证A中任意两个数字间的差值远大于任意染色体上最大的位点数;然后,对每个整合位点,将换算后的染色体数A与染色体上整合位置的位点数相加,得到一个同时代表染色体和整合位置的数字Y; 所述的基于所有IS-IS间的连接关系寻找符合条件的CIS的方法是, 步骤4.1、根据形成的CIS网络结构找到连接次数大于某个阈值n的IS位点,作为种子位点S; 步骤4.2、则对某个种子位点S,寻找所有与该种子位点S直接连接的位点S1并记录;记录连接内所有的IS,得到S+S1; 步骤4.3、则对S1中的每个位点,寻找所有与S1直接连接的位点S2并记录,如果所有S2已经存在于S+S1中;则完成搜索; 步骤4.4、如果至少有1个S2不存在于S+S1中;寻找所有与S1直接连接的位点S2并记录...;依次类推,直到新增位点数不再增加为止;完成CIS搜索; 步骤4.5、在找到所有CIS后,CISAT对CIS在基因组上的聚集位置,以及CIS发生位置所附近的基因及其功能区域进行分析,以确定CIS对基因组的影响程度及致癌风险。
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