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基于改进自注意力与Mamba双模块的不同长度基因组序列编码方法
基于改进自注意力与Mamba双模块的不同长度基因组序列编码方法, 它涉及一种不同长度基因组序列编码方法。本发明为了解决现有技术中基因组序列无法合理输入至神经网络模型的问题。本发明在数据处理序列特征提取过程, 提取不同长度基因组序列的kmer...
微生物组数据驱动的土壤肥力预测方法及系统
本发明提供了微生物组数据驱动的土壤肥力预测方法及系统, 涉及数据预测技术领域, 包括:配置土壤采样矩阵;执行H频次的间歇性分层采样, 并执行微生物组数据测定, 得到微生物群落时序矩阵;进行肥力养分转换处理后, 执行动态演变规律捕捉, 预测输...
一种玉米-固氮菌互作的智能识别方法及系统
本发明涉及生物信息分析技术领域, 具体为一种玉米‑固氮菌互作的智能识别方法及系统, 包括以下步骤, 利用玉米根际样本获取编码信息及分泌物浓度, 归类分泌趋势生成根行为响应数据, 筛选行为一致菌种构建菌群结构序列, 识别组合趋同性输出互作模式...
一种融合基因动态监测的甲状腺癌NGS联合分析方法
本发明涉及核酸分子检测技术领域, 公开了一种融合基因动态监测的甲状腺癌NGS联合分析方法。本发明方法通过将高通量测序与DNABERT深度学习算法相结合, 使得能够从海量测序数据中识别出高度特异的单核苷酸变异(SNV)和融合基因标志物, 用于...
一种深度强化学习驱动的多肽药物分子生成方法
本发明公开了一种深度强化学习驱动的多肽药物分子生成方法, 属于生物信息学技术领域, 包括如下步骤:S1:基于图预训练的多肽的氨基酸序列表征、S2:融合活性与ADMET属性的多成药目标优化、S3:基于Actor‑critic强化学习的分子生成...
一种酶的定向进化方法及相关装置
本申请提供一种酶的定向进化方法及相关装置, 涉及酶的定向进化领域。根据候选氨基酸序列数据的蛋白特征编码数据, 通过预测模型对突变的候选氨基酸序列数据进行活性预测, 筛选出较优的目标氨基酸序列数据, 然后通过自动化实验操作构建目标氨基酸序列实...
一种蛋白质序列生成方法、装置、系统及存储介质
本发明提供一种蛋白质序列生成方法、装置、系统及存储介质, 涉及生物信息技术领域。所述生成方法包括:获取待分析蛋白质序列并构建序列数据集;构建不同功能属性的多属性条件向量;构建蛋白质序列生成模型;将序列数据集中的待分析蛋白质序列编码为离散表示...
一种基于加权图网络与标签传播的宏基因组病毒分类方法
一种基于加权图网络与标签传播的宏基因组病毒分类方法, 它涉及一种宏基因组病毒分类方法。本发明为了解决现有技术中ICTV分类标准的动态适应性不足、数据类别不平衡, 且“暗物质”分类难的问题。本发明在数据库更新与构建过程, 获取最新的病毒分类样...
一种基于蛋白质语言模型和排序损失的蛋白质突变优化方法
本发明公开了一种基于蛋白质语言模型和排序损失的蛋白质突变优化方法, 所述方法包括:构建饱和突变数据集;初始化参数;利用蛋白质嵌入模型生成蛋白质序列的高维嵌入表示;首轮筛选中, 根据突变选择策略选择饱和突变进行筛选;之后的每一轮筛选中, 引入...
一种sgRNA的靶标活性预测方法
本发明公开了一种sgRNA的靶标活性预测方法, 包括如下步骤:步骤1:数据集准备, 获取sgRNA活性序列数据集;步骤2:对sgRNA活性序列数据集进行序列特征提取, 得到多个特征信息;步骤3:将多个特征信息进行融合, 得到特征集;步骤4:...
预测模型训练方法、引导核苷酸序列筛选方法及相关装置
本申请实施例公开了一种预测模型训练方法、引导核苷酸序列筛选方法及相关装置。每组训练样本包括核苷酸序列以及核苷酸序列对应的编辑基因的真实基因表达量数据, 核苷酸序列包括引导核苷酸序列以及与引导核苷酸序列关联的基因序列, 编辑基因由基因序列基于...
一种基于相似度融合和混合门控的环状RNA和疾病关联预测方法
一种基于相似度融合和混合门控的环状RNA和疾病关联预测方法, 属于计算机与生物信息学的交叉技术领域。为了解决目前基于深度学习的环状RNA和疾病关联预测中融合信息损失和捕捉复杂关系能力不足导致的预测效果不佳的问题。本发明首先基于环状RNA和疾...
计算机设备、测序数据的处理方法及存储介质
本申请公开了一种计算机设备、测序数据的处理方法及存储介质, 包括:获取目标样本的cfDNA及白细胞DNA对应的第一测序数据;根据多种突变检测策略对cfDNA及白细胞DNA对应的第一测序数据进行检测, 得到cfDNA与每种突变检测策略对应的突...
基因拷贝数变异类型检测方法及相关产品
本公开提供一种基因拷贝数变异类型检测方法及相关产品。该基因拷贝数变异类型检测方法的一具体实施方式通过在确定待测样本中待测基因的矫正后肿瘤细胞拷贝数的过程中, 额外考虑了待测样本的肿瘤倍性, 由于考虑因素更加丰富, 进而可以提高待测样本中待测...
一种通过家系全外显子组测序数据检测不同类型变异的方法
本发明公开了一种通过家系全外显子组测序数据检测不同类型变异的方法, 属于检测分析领域, 包括步骤:S1, 将测序文件和家系文件上传至PedMiner2网站;S2, 基于比较不同染色体的测序深度和杂合突变比例检测染色体数目异常;S3, 比较父...
一种挖掘糯稻酿酒相关基因的方法
本发明公开了一种挖掘糯稻酿酒相关基因的方法。首先, 采集多份涵盖籼稻、粳稻及糯稻的水稻种质资源, 通过全基因组重测序检测SNP/CNV变异, 并获取颗粒度及圆润度表型数据。其次, 利用混合线性模型MLM结合GEMMA软件进行基因‑表型关联分...
一种基于群体分化指数FST的多群体基因组选择方法
本发明属于生物育种技术领域, 公开了一种基于群体分化指数FST的基因组选择方法。由于GBLUP方法假设群体间LD一致, 直接利用GBLUP方法影响基因组选择准确性, 本发明与GBLUP模型相比, 本发明提出的模型fstGBLUP能够考虑群体...
预测蛋白质溶解性的方法、神经网络训练方法、装置、设备和介质
一种预测蛋白质溶解性的方法、神经网络训练方法、装置、设备和介质, 涉及生物信息技术领域, 具体为生物计算技术领域。预测蛋白质溶解性的方法包括:获取包括多个氨基酸残基的目标蛋白质序列;利用蛋白质预训练模型对目标蛋白质序列进行编码, 以得到多个...
一种玉米育种流程化设计系统及实施方法
本发明涉及玉米育种领域, 具体公开了一种玉米育种流程化设计系统及实施方法, 包括:核心种质资源模块, 用于存储和管理经过筛选和鉴定的高质量玉米核心种质资源, 所述核心种质资源基于极端性状进行基因挖掘, 通过混合样本分析方法获得, 并具有明确...
基于scATAC-seq的ecDNA结构预测方法和识别携带ecDNA细胞的方法及介质
本发明提供了一种基于scATAC‑seq的ecDNA结构预测方法和识别携带ecDNA细胞的方法及介质, 涉及生物信息技术领域。本发明基于scATAC‑seq的ecDNA结构预测方法, 通过与参考基因组对比提取ecDNA断点来源的不一致读数,...
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