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用于急性上呼吸道感染易感性的预测标志物及预测方法
本发明公开了一种用于急性上呼吸道感染易感性的预测标志物及预测方法,用于解决当前急性上呼吸道感染易感风险预测准确性较低的问题。首先提供一种用于急性上呼吸道感染易感性的预测标志物,所述预测标志物为综合考虑人体健康状态血常规数据与基线血液转录组数...
基于异构图网络的宏基因组功能注释方法及系统
本发明为基于异构图网络的宏基因组功能注释方法及系统,获取人类宏基因组测序信息并过滤;根据宏基因内部信息构成宏基因组异构图:分别建模contig结点和基因结点,contig结点与基因结点之间通过所属关系来连接;基因结点之间通过序列相似性来决定...
一种化合物致突变性评估方法及系统
本发明提供一种化合物致突变性评估方法及系统,属于分子生物学和化工技术领域,包括:培养符合要求的人源细胞,随后采用不同浓度的所述化合物对所述人源细胞进行处理;从所述人源细胞中提取基因组DNA并进行测序;基于测序数据获取总碱基数据及突变碱基数据...
一种基于二代测序技术的基因组测序数据分析方法
本发明涉及数据处理技术领域,尤其涉及一种基于二代测序技术的基因组测序数据分析方法,该方法获取待压缩的碱基序列;设定k‑mer的k取值范围,针对k取值范围内任一k取值,在碱基序列中获取任一k取值的k‑mer子串,组成目标集合,构建目标集合的频...
一种增强分子残留病灶检测的探针的设计方法及其应用
本公开提供了一种探针集合的设计方法及其应用。使用本公开所提供设计方法设计探针集合既满足用药靶点检测需要,又提升了检测性能,在MRD监测方面具有更长的提前时间,具有广泛的临床应用前景。
一种基于三维基因组互作和共表达特征的肿瘤驱动IncRNA筛选方法及系统
本发明提供了一种基于三维基因组互作和共表达特征的肿瘤驱动IncRNA筛选方法,该方法包括:获取包含肿瘤TAD、表达量数据、肿瘤驱动PCG和lncRNA基因信息的肿瘤信息;根据肿瘤信息计算CDT、RNA‑DNA互作特征和共表达特征;根据CDT...
基于超图对比学习的单细胞RNA测序数据插补方法及其应用
本申请涉及生物信息技术领域,尤其涉及一种基于超图对比学习的单细胞RNA测序数据插补方法及其应用。通过构建以基因为中心的超边,将多个在特定基因上共同表达的细胞连接为高阶结构单元,再结合超图卷积、通道自注意力机制与结构对比学习,增强细胞表示的表...
一种棉纤维起始关键调控基因预测方法及其应用
本发明涉及生物学技术领域,具体涉及一种棉纤维起始关键调控基因预测方法,该方法包括采集不同发育时间点的棉花胚珠样本进行原位捕获与转录文库构建、测序,得到不同样本的空间转录矩阵;对不同样本的空间转录矩阵进行数据降维和聚类处理,得到空间切片信息和...
预测突变对蛋白质间相互作用的影响的方法和设备
公开了预测突变对蛋白质间相互作用的影响的方法和设备。该方法包括:基于突变蛋白质的氨基酸序列来确定突变蛋白质特征向量集;基于伴侣蛋白质的氨基酸序列来确定伴侣蛋白质特征向量集;以及基于所确定的突变蛋白质特征向量集和伴侣蛋白质特征向量集,通过交叉...
基于Contig感知的蛋白质功能预测方法及系统
本发明为基于Contig感知的蛋白质功能预测方法及系统,包括内容:获取蛋白质氨基酸序列,以及对应Contig的核苷酸序列和Contig上CDS的排列信息;将同一Contig上按CDS顺序对应的蛋白质级特征与Contig核苷酸序列的k‑mer...
一种呼吸道感染疾病进展及预后预测模型的训练方法
本发明涉及一种呼吸道感染疾病进展及预后预测模型的训练方法,包括:从目标患者的外周血中提取出mRNA进行转录组测序得到测序结果;基于铁死亡相关基因集,比较社区获得性肺炎和脓毒症两组患者的铁死亡评分差异,并从测序结果上筛选出具有统计学意义的相应...
一种融合已知基因信息的多性状协同筛选方法及系统
本发明提供了一种融合已知基因信息的多性状协同筛选方法及系统,基于训练群体,应用TOP算法估算环境特异性状权重和基因特异性权重;在测试群体中,结合已知优良基因信息,并综合表型与基因型的相似性,筛选出与目标参考个体在多性状上表现相似、关键性状表...
空间转录组数据中多样本细胞互作归一化评估的方法
本发明提供一种空间转录组数据中多样本细胞互作归一化评估的方法,应用于空间转录组技术领域,上述方法包括:对每个样本的空间转录组数据进行卷积分析,得到每个样本的空间点细胞类型存在矩阵;基于空间点位置以及空间点细胞类型存在矩阵,构建样本内空间连接...
一种基于环状RNA的潜在生物标志物挖掘方法及系统
本申请公开了一种基于环状RNA的潜在生物标志物挖掘方法及系统,涉及生物信息领域技术领域,公开的基于环状RNA的潜在生物标志物挖掘方法,通过构建多层级异构网络图,并结合图马尔可夫网络模型进行训练,本申请能够充分考虑circRNA与疾病之间的复...
一种具有可解释性的基于对抗训练的环状RNA与RBP相互作用位点预测方法及系统
本申请公开了一种具有可解释性的基于对抗训练的环状RNA与RBP相互作用位点预测方法及系统,涉及生物信息技术领域,公开的具有可解释性的基于对抗训练的环状RNA与RBP相互作用位点预测方法及系统,通过多尺度特征编码、上下文关联特征提取、对抗训练...
一种面向多切片空间转录组数据的批次矫正和空间域划分方法及系统
本申请公开了一种面向多切片空间转录组数据的批次矫正和空间域划分方法及系统,涉及空间转录组学数据分析技术领域,面向多切片空间转录组数据的批次矫正和空间域划分方法及系统,通过构建多切片的空间邻接矩阵数据和初步矫正基因表达数据,融合了空间信息和批...
针对心肌损伤的代谢物靶点相互作用预测方法及系统
本申请涉及生物信息学技术领域,具体公开了一种针对心肌损伤的代谢物靶点相互作用预测方法及系统,旨在解决现有技术对复杂异构数据处理不足、难以捕捉代谢网络动态变化及进行精细时序预测的问题。整合多源异构数据,构建心肌损伤风险因素与代谢物靶点知识库,...
基于动态异构双流图神经网络的药物-靶点交互预测方法及装置
本申请提供了一种基于动态异构双流图神经网络的药物‑靶点交互预测方法及装置,属于药物研发领域;解决了现有技术中图结构构建和特征表达不足导致的预测准确率低、泛化能力弱的问题,该方法包括以下步骤:根据药物和靶点的特征数据构建图结构,并根据数据变化...
基于药物重定位知识图谱的药物筛选方法
本发明公开了一种基于药物重定位知识图谱的药物筛选方法,其特征在于,按照如下步骤进行:DRKG知识图谱表示学习框架优化及药物节点信息补充;药物结构相似性信息三元组建立;药物靶标基因信息三元组拓展;药物副作用信息三元组拓展;基于多种基准算法的E...
一种多味中药成分改善便秘相关基因筛选及功能分析的方法
本发明提供了一种多味中药成分改善便秘相关基因筛选及功能分析的方法,所述方法包括中药复方活性成分和对应作用靶点的筛选、便秘疾病靶点的获取、中药复方作用靶点与便秘疾病交集靶点的获取、中药复方活性成分‑作用靶点调控网络构建、PPI蛋白互作网络构建...
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