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一种药物靶标智能预测方法及系统
本发明涉及药物靶标预测技术领域,公开了一种药物靶标智能预测方法及系统,药物靶标智能预测方法包括以下步骤:步骤1:获取目标蛋白质的结构数据和序列数据以及目标蛋白质的同源序列数据;步骤2:根据结构数据进行分子动力学模拟,计算得到动态构象特征向量...
基于变异体适应性的季节性流感病毒疫苗株推荐方法及系统
本申请提供基于变异体适应性的季节性流感病毒疫苗株推荐方法及系统包括:获取从当前流感季起近三个流感季的流感病毒血凝素蛋白HA序列数据和流感阳性率数据;识别HA蛋白序列的每个位点上的氨基酸突变,筛选下一流感季的风险突变;在当前流感季的HA蛋白序...
测序报告的生成方法、装置、电子设备及存储介质
本申请公开了一种测序报告的生成方法、装置、电子设备及存储介质,应用于计算机设备,方法包括:计算机设备获取待分析的测序结果数据;计算机设备对待分析的测序结果数据进行解析,获取基因变异标识信息,并根据基因变异标识信息生成查询标签;计算机设备根据...
一种B细胞表位预测方法、系统、设备及介质
本发明公开一种B细胞表位预测方法、系统、设备及介质。该方法获取待检测的抗原序列;将抗原序列分别输入至ESM‑C模型和AlphaFold3模型,获得ESM‑C嵌入表示和三维预测结构;所述三维预测结构通过ESM‑IF1逆折叠模型和DSSP算法进...
超低测序深度的基因组缺失区间检测方法
本发明涉及生物信息学和基因组学技术领域,具体涉及超低测序深度的基因组缺失区间检测方法。包括:步骤一、获取测序读段并进行质量控制,计算获得参考基因组中每个位点的测序深度;步骤二、基于每个位点的测序深度,计算获得每个bin的平均测序深度;步骤三...
一种基于几何深度学习的蛋白质结合位点预测方法
本发明涉及蛋白质预测技术领域,特别涉及一种基于几何深度学习的蛋白质结合位点预测方法。本发明引入蛋白质几何描述及对应的几何图学习方案,为建模三维结构特征提供了可行途径;此外,还提出了一种RSA引导两阶段的混合迁移学习策略,首先在更大数据集上训...
一种基于BERT模型的密码子优化方法及系统
本发明公开了一种基于BERT模型的密码子优化方法及系统,所属领域为生物信息学与基因工程的交叉技术领域,该方法包括:在特定物种的基因组上训练BERT模型;利用模型中的多头自注意力机制,提取基因组序列的上下文语义特征;通过模型输出解析密码子之间...
基于耐药序列测定的HIV-1感染者治疗前耐药分析系统
本发明公开了基于耐药序列测定的H IV‑1感染者治疗前耐药分析系统,属于医学检测技术领域。基于耐药序列测定的HIV‑1感染者治疗前耐药分析系统,包括样本采集与处理模块、耐药序列测定模块、耐药序列分析模块、耐药表型预测模块和治疗方案推荐模块。...
一种融合多环境因子的玉米遗传表现预测方法
本发明公开了一种融合多环境因子的玉米遗传表现预测方法,包括:获取亲本基因型数据矩阵、杂交种表型数据向量和多环境时序气候数据张量;构建气候滞后效应矩阵,量化不同气候因子对玉米生长发育的滞后影响程度;构建环境时空关系矩阵和考虑区段不均等贡献的增...
一种基于反绎学习和基因知识本体的基因表达预测方法
本发明公开一种基于反绎学习和基因知识本体的基因表达预测方法,旨在解决传统基因表达预测方法中数据需求量大、可解释性差的问题。通过结合反绎学习和基因知识本体,构建基因表达预测模型。从公共数据库中获取基因表达数据,并进行数据预处理和重要性特征提取...
多空间自监督对比学习的空间转录组数据空间域识别方法
本发明公开了多空间自监督对比学习的空间转录组数据空间域识别方法,包括:建模生成空间邻域图,保持图结构不变,打乱节点特征进行数据增强,作为增强图;基于图神经网络构建编码器,对融合了空间信息与基因信息的空间转录组数据进行提取得到潜在嵌入,送入多...
一种基于单细胞转录组测序的PathSeq微生物鉴定和丰度检测方法、系统及应用
本发明公开了一种基于单细胞转录组测序的PathSeq微生物鉴定和丰度检测方法,包括:准备存储有包含比对到参考基因组上的测序数据的bam文件;利用GATK管道进行PathSeq分析,鉴定评估样本中微生物的存在和丰度;对Pathseq分析获得的...
一种基于扰乱擦除融合特征的细胞类群划分方法
一种基于扰乱擦除融合特征的细胞类群划分方法,属于单细胞RNA测序数据分析中的细胞类群划分领域,本发明首先将单细胞RNA测序数据进行预处理,随后使用三种特征编码器构建细胞的多分维特征并从中提取多分维初步共享特征。然后,训练一个扰乱擦除特征融合...
一种具有生物约束的DNA编码方法及装置
本发明实施例公开了一种具有生物约束的DNA编码方法及装置。在该方法中,采用渐进式分阶段训练策略,第一阶段以最小化原始信源与重构信源的失真为目标进行训练,并通过包含中心化编码、对称量化阈值和对称网络结构的协同设计,使压缩序列在表征为ATCG碱...
一种基于神经网络去噪的远同源蛋白质搜索方法、系统、终端及存储介质
本发明公开了一种基于神经网络去噪的远同源蛋白质搜索方法、系统、终端及存储介质,所述方法包括:根据目标数据集构建蛋白质序列谱,确定预设卷积神经网络,并根据蛋白质序列谱对预设卷积神经网络进行模型训练,得到超家族模型;获取待查询蛋白质序列,根据待...
基于生物信息学的紫云英育种遗传数据挖掘系统
本发明公开了基于生物信息学的紫云英育种遗传数据挖掘系统,具体涉及数据挖掘技术领域;是通过采集并同步紫云英宿主基因组与根瘤菌共生微生物基因组的原始测序数据,生成标准化遗传信息数据集;通过识别宿主基因组与共生微生物基因组之间的序列交叉污染位点,...
一种基于高通量抗体表位谱检测数据的病原体免疫谱系评估方法
本发明提供一种基于高通量抗体表位谱检测数据的病原体免疫谱系评估方法,包括:数据准备:获取抗原表位文库的测序数据,和生物样本与文库孵育发生免疫共沉淀后的的样本测序数据;数据预处理:对所有测序数据进行质量控制;数据比对和计数:构建参考文库索引,...
一种基于二代测序检测微生物结构变异、突变和插入删失的方法
本发明涉及生物信息学技术领域,特别是涉及一种基于二代测序检测微生物结构变异、突变和插入删失的方法。本发明基于短读长Illumina二代测序策略,通过对当前主流生物工具进行测试、运用以及结合自己开发的程序实现了微生物宏基因组结构变异(SV)、...
一种呕吐毒素损伤睾丸支持细胞的预测方法及系统
本发明提供了一种呕吐毒素损伤睾丸支持细胞的预测方法及系统,涉及睾丸支持细胞损伤预测技术领域,包括获取转录组测序、免疫荧光定量、电镜超微结构和流式检测数据;基于持续同调理论提取基因表达空间的拓扑特征并编码为持续性条形码表示;通过神经微分方程将...
基于全流程模拟的DNA存储模拟方法及装置
本发明提供了一种基于全流程模拟的DNA存储模拟方法,包括:数据编解码模拟步骤,由大模型根据数据编解码策略,对测试数据进行编码模拟和解码模拟,输出编码后的第一数据;DNA合成模拟步骤,由大模型根据DNA合成策略和第一数据,模拟DNA合成,生成...
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