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山羊品种鉴定芯片位点筛选系统及方法
本发明涉及品种鉴定技术领域,尤其涉及山羊品种鉴定芯片位点筛选系统及方法,该方法的步骤包括:获取监测区域内目标山羊品种和参照山羊品种的性状特征数据,同步获取监测区域内的环境特征数据;基于性状特征数据分析不同性状特征的生长趋势,评估目标山羊品种...
育种群体多性状综合选择指数计算平台
本发明公开了育种群体多性状综合选择指数计算平台,涉及作物遗传育种技术领域,包括:数据获取模块收集实时表型数据流与历史年龄序列数据。模型拟合模块利用历史数据拟合初始年龄动态模型;偏离计算模块通过计算标准化残差,量化实时数据与模型预测的偏离程度...
一种植物着丝粒识别与边界界定方法
本发明属于生物信息技术领域,公开了一种植物着丝粒识别与边界界定方法,具体步骤包括:对CENH3 ChIP‑seq原始测序数据进行质量控制;将质控后的reads比对至目标植物参考基因组,文件转换后按预设窗口计算每个bin的平均覆盖度或ChIP...
基于全长转录组测序的肿瘤新抗原预测方法、系统、电子设备及存储介质
本发明公开了一种基于全长转录组测序的肿瘤新抗原预测方法、系统、电子设备及存储介质,包括:对肿瘤组织和正常对照组织进行全长转录组测序,并进行转录注释,得到肿瘤特异性转录本集合;对肿瘤特异性转录本进行单碱基分辨率分析,识别肿瘤细胞的突变信息;排...
基于DNA检测的目标病原细菌免疫抗体检测方法
本发明涉及生物检测技术领域,公开了基于DNA检测的目标病原细菌免疫抗体检测方法。该方法包括获取待测生物样本的目标病原细菌DNA序列数据和免疫抗体蛋白表达量数据;对目标病原细菌DNA序列数据进行突变位点扫描,识别高频突变区域边界并计算序列突变...
基于并行计算与多目标优化的大规模引物池筛选系统、方法及存储介质
本发明公开了一种基于并行计算与多目标优化的大规模引物池筛选系统及方法,属于生物信息学与分子生物学技术领域。所述系统包括:候选引物生成模块、高速生物学特性分析引擎以及多目标协同优化模块。方法包括:生成初始候选引物池;利用基于k‑mer索引的快...
基于机器学习优化的鸟类鉴定通用引物设计方法和应用
本发明公开了基于机器学习优化的鸟类鉴定通用引物设计方法和应用,该方法以DNA条形码技术为基础,该方法通过多重比对结合Shannon熵判定保守碱基,提高获取保守序列的准确性;建立涵盖覆盖度、Tm值、互作程度、简并碱基数量及poly结构的多维度...
一种抗体人源化方法、系统、设备及程序产品
本申请公开了一种抗体人源化方法、系统、设备及程序产品,方法包括:通过预先训练的V基因序列特征提取模型对期望V基因氨基酸序列进行特征提取处理,得到V基因序列特征;对待人源化的抗体氨基酸序列进行区域固定处理,得到初始化序列;将初始化序列和V基因...
一种抗体语言模型训练方法、抗体序列预测方法及其装置
本申请公开了一种抗体语言模型训练方法、抗体序列预测方法及其装置,方法包括:获取训练样本集,所述训练样本集中的训练样本通过预先构建的抗体多元编码词汇表生成得到;对所述训练样本集中的训练样本进行结构化语料构建处理,得到训练语料数据集;根据所述训...
一种基于三维异构网络的药物代谢产物预测方法
本发明属于代谢产物预测技术领域,具体涉及一种基于三维异构网络的药物代谢产物预测方法。本发明解决了药物代谢产物预测中关键的代谢酶信息缺失的问题,并通过计算化学结构相似性和蛋白质序列之间的相似性等将药物分子、代谢酶分子、代谢产物分子等的生化信息...
一种基于抗体特异性语言模型的B细胞亚群预测方法
本发明公开了一种基于抗体特异性语言模型的B细胞亚群预测方法,属于生物医学领域。本方法通过使用Transformer模型编码BCR序列,并使用对比学习任务和掩码语言建模任务自动学习BCR序列中的抗体编码模式,实现B细胞亚群的准确预测。构建本方...
一种预测泛素连接酶和去泛素化酶活性的方法
本发明公开了一种预测泛素连接酶和去泛素化酶活性的方法,其步骤包括:1)收集来自实验验证数据库的真实相互作用集;将其与预测相互作用数据集合并,得到整合预测集;2)将用户提供的定量泛素化组学数据分别与真实相互作用集、整合预测集进行匹配,从匹配条...
一种基于细胞游离DNA片段化特征的检测系统及方法
本发明涉及细胞游离DNA数据检测技术领域,具体涉及一种基于细胞游离DNA片段化特征的检测系统及方法,系统包括:cfDNA数据收集模块从临床数据集与公共数据集构建的合成数据集中采集样本;预处理模块对样本进行全基因组测序并筛选合格数据;特征提取...
一种基于大数据的种子抗倒伏育种方法
本申请涉及智慧农业与生物信息技术交叉领域,具体涉及一种基于大数据的种子抗倒伏育种方法,包括:构建多源异构抗倒伏育种数据库;执行多模态数据的时空对齐融合处理;构建并训练时空超图注意力网络;基于所述时空超图特征矩阵计算各育种材料的抗倒伏综合指数...
一种参与马铃薯着丝粒重定位序列的鉴定方法
本发明公开了一种参与马铃薯着丝粒重定位序列的鉴定方法,属于植物遗传与分子生物学技术领域。该方法通过整合马铃薯不同单倍型的T2T级基因组数据与CENH3 ChIP‑seq数据,利用生物信息学分析工具进行序列筛选、注释与功能预测,鉴定出长度为2...
基于宏基因组测序的胸腔积液微生物组鉴别诊断与预后评估方法及应用
本发明公开了基于宏基因组测序的胸腔积液微生物组鉴别诊断与预后评估方法及应用,属于生物信息学技术领域,用于分析胸腔积液样本的微生物组的方法,包括以下步骤:对离体的胸腔积液样本进行宏基因组下一代测序,获得测序读数;对所述测序读数进行生物信息学分...
一种基于基因敏感度的单细胞注释方法和系统
本发明公开了一种基于基因敏感度的单细胞注释方法及系统。其核心流程为:先从基因数据库提取相关Marker基因列表构建参考数据集;再基于待注释细胞中有效Marker基因的蛋白质互作关系搭建无向网络,借网络中心性指标量化基因综合网络权重,同时对基...
一种基于大数据的标本生物信息分析验证系统
本发明涉及生物信息处理技术领域,具体为一种基于大数据的标本生物信息分析验证系统,包括:大数据采集模块采集标本形态学数据、基因序列数据及关联生态环境数据;生物信息分析模块基于大数据算法挖掘标本特征关联规则,生成分析结果;多维度验证模块根据形态...
cfDNA片段组学结合血清标志物胃癌预测模型构建方法及系统
一种cfDNA片段组学结合血清标志物胃癌预测模型构建方法及系统,首先获取多个受试者血浆cfDNA的低覆盖度全基因组测序数据及对应标签,构建片段大小比率特征、拷贝数变异特征、5′末端9碱基基序特征及转录起始位点片段大小比率特征等多维度片段组学...
一种基于两阶段格兰杰因果构建基因网络方法及应用
本发明涉及生物信息学技术领域,尤其涉及一种基于两阶段格兰杰因果构建基因网络方法及应用,包括:首先,基于基因表达时间序列数据开展全局格兰杰因果检验,构建包含所有潜在调控关系的初始候选网络。随后,采用基于事件驱动的动态剪枝策略对候选网络进行精炼...
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